Штами SARS-CoV-2

Наразі вченим вдалося ідентифікувати кілька штамів SARS-CoV-2 – вірусу, що спричиняє Covid-19. Згідно з класифікацією Центру з контролю та профілактики захворювань, їх об’єднують у 3 групи: ті, що викликають інтерес, ті, що викликають серйозні наслідки, та ті, що викликають занепокоєння. До останньої належать 3 штами, про які й піде мова.

B.1.1.7, британський штам, що містить 23 мутації, вперше був описаний 14 грудня 2020 року. B.1.351, південноафриканський штам, має таку ж кількість мутацій та відомий вченим з 18 грудня 2020 року. Останнім (12 січня 2021 року) був описаний бразильський штам, B.1.1.28.1. Його генотип відрізняється від «оригіналу» 35 мутаціями.

Всі три штами містять мутацію N501Y, яка змінює амінокислоту аспарагін (N) на тирозин (Y) у 501 положенні рецептор-зв’язуючого домену спайкового білка. Завдяки такій зміні віруси здатні краще поширюватися та ефективніше заражати інші клітини.

Варіанти 501Y.V2 і P.1 додатково мають мутацію E484K, що збільшує афінність зв’язування рецептор-зв’язуючого домену з рецептором ангіотензинперетворюючого ферменту 2 (ACE2). Окрім цього, мутація допомагає вірусам «вислизнути» з-під імунного захисту, що забезпечується антитілами. Останні дозволяють організмові боротися з інфекцією на основі досвіду попереднього зараження або вакцинації.

У зв’язку з появою нових штамів коронавірусу в медичної спільноти виникли 3 ключових питання:

• яким чином мутації впливають на передачу вірусу
• важкість перебігу спричиненої ними інфекції
• ефективність вакцин

То ж розглянемо кожне з питань по черзі.

Читайте також: Колективний імунітет і COVID-19

Трансмісивність

Згідно з даними CDC, трансмісивність (здатність передаватися від однієї людини іншій) B.1.1.7 на 50% вища, ніж у його попередника. Однак останні дослідження показують, що різниця може сягати 75% та навіть більше. Передача B.1.351 здійснюється на 50-74% швидше, а B.1.1.28.1 – у 1.7–2.4 рази швидше.

Важкість перебігу захворювання

У одному данському дослідженні було встановлено, що ризик госпіталізації при зараженні британським штамом підвищується на 64%, а смертність, у свою чергу, зростає на 61—64%. Іншою відмінною ознакою клінічної картини інфекції, викликаної B.1.1.7, є збільшення середньої тривалості прояву симптомів з 8,2 до 13,3 днів. Смертність від бразильського штаму у 1,2-1,9 раза вища, ніж від його попередника. Дані щодо важкості перебігу захворювання, викликаного B.1.351, наразі відсутні.

Вакцинація

1. Векторні вакцини: Oxford-AstraZeneca та Johnson & Johnson

Підгруповий аналіз вакцини Oxford-AstraZeneca на людях, інфікованих B.1.351, показав, що її ефективність складає лише 10,4%.

Попри це Andrew Pollard, директор Oxford Vaccine Group і один з керівників оксфордських випробувань вакцин, додає оптимізму. За його словами, модифікація як векторних, так і мРНК вакцин – задача досить проста, адже «все, що потрібно – синтезувати новий біт ДНК, як у нашому випадку, або РНК, як у випадках Pfizer і Moderna, а потім додати його до нової вакцини». Глава відділу досліджень і розробок AstraZeneca, Mene Pangalos, додав, що компанія вже розробляє вакцину другого покоління, яка зможе протистояти новим штамам.

Згідно з результатами третього етапу клінічних випробувань, вакцина Johnson & Johnson продемонструвала 66% ефективність у профілактиці помірного і важкого COVID-19. При розбивці отриманих даних за регіонами виявилося, що ефективність на території США складає 72%, Латинської Америки – 66% і Південної Африки – 57%, що вказує на незначне зниження ефективності проти B.1.351. Тим не менше, в групі осіб, що отримали вакцину, спостерігалася повна відсутність випадків госпіталізації та смерті.

2. Субодиничні вакцини: Novavax

У пресрелізі від 29 січня 2021 року заявлено, що ефективність вакцини Novavax склала 89,3% в контексті фази 3 дослідження, проведеного в Сполученому Королівстві.

«Важливо відзначити, що 3 фаза дослідження збіглася в часі з появою британського штаму. Більше половини хворих у Великобританії інфікувались B.1.1.7.», – зазначив доктор Gillies O’Bryan-Tear, співробітник факультету фармацевтичної медицини Великобританії.

Однак деякі експерти попереджають, що, попри обнадійливі результати, кандидат все ще недостатньо ефективний проти нових штамів. Так, професор Lawrence Young з Медичної школи Warwick зазначає, що «Вакцина Novavax дуже ефективна проти зараження вихідним штамом, однак її ефективність проти південноафриканського варіанту суттєво нижча  і становить лише 48,6%».

Читайте детальніше: Novavax — наступний великий крок в подоланні епідемії?

3. мРНК вакцини: Moderna та Pfizer BioNTech

Вакцина компанії Moderna здатна протистояти новим штамам. У дослідженнях не було знайдено значної різниці титру нейтралізуючих антитіл до B.1.1.7 в порівнянні з уханським штамом. Застосування вакцини зі штамом B.1.351 супроводжувалося зниженням титрів у 6,4 рази, однак клінічних наслідків така зміна не мала: рівні антитіл все ще залишалися достатніми для захисту організму.

За словами ізраїльських дослідників, вакцина Pfizer-BioNTech, аналогічно попередній, нейтралізує британський варіант B.1.1.7 приблизно на тому ж рівні (95%), що і вихідний штам.

Однак вона виявилася менш ефективною проти південноафриканського і комбінованих британо-південноафриканських варіантів. Зниження нейтралізуючої активності склало 6,8 разів.

Що стосується бразильського штаму, раннє лабораторне дослідження імунних клітин крові людей, вакцинованих Pfizer та Moderna, показало, що мутації, присутні у даному штамі, не мають суттєвого впливу на здатність клітин реагувати на вірус.

Нещодавно обидві компанії оголосили про реалізацію стратегії проактивної боротьби з пандемією. Фармацевтичні виробники планують протестувати додаткову третю бустерну дозу своєї вакцини проти COVID-19, щоб вивчити можливість подальшого підвищення рівня нейтралізуючих титрів проти нових штамів. Імунізація здійснюватиметься через 6-12 місяців  після отримання другої дози.

Оновлено

Індійські антирекорди: що наукова спільнота знає про В.1.617?

Вперше вчені з Індії звернули увагу на новий штам у зв’язку з його швидким поширенням в штаті Махараштра у період з грудня 2020 по березень 2021. 24 березня Міністерство охорони здоров’я Індії повідомило, що 15-20% коронавірусу, секвенованого в регіоні, несуть дві незвичайні мутації: E484Q і L425R. За останніми даними, наразі їх розповсюдженість зросла до більш ніж 60%. Новий варіант отримав назву B.1.617.

Мутація E484Q аналогічна E484K, яку містять британський та південноафриканський штами, а L452R, окрім індійського, була знайдена в B.1.427 та B.1.429 – штамах, що швидко поширюються територією Каліфорнії. Остання здатна збільшувати здатність спайкових білків зв’язуватися з рецепторами ACE2 на клітинах людини, збільшуючи його трансмісивність. Окрім цього, L452R може посилювати реплікацію вірусу. У тандемі обидві мутації допомагають B.1.617 ухилятися від антитіл, хоча достовірні дані про резистентність нового штаму до імунного захисту наразі відсутні.

Окрім названих мутацій, B.1.617 містить ще одну, P681R. Вона здатна збільшувати інфекційність вірусних частинок, полегшуючи розщеплення білка-попередника S до активної конфігурації S1/S2.

Авторка: Олена Сушан